生产有机肥的原料比较广泛，其中鸡粪、猪粪、牛粪是常见的畜禽粪便。这些原料需要经过生物发酵过程，并达到无害化处理标准，进一步制作才能成为商品有机肥。
为了进行生物发酵，首先需要选择开阔、地面平整发酵场地。便于大量发酵生产。通常原料中的水分较大，还需要添加一定比例的干料进行水分调节，比例控制在3:1，将鸡粪条形堆放在场地上，并在原料表面撒上发酵菌剂。翻堆机翻堆过后，形成新的一个条垛，并且新堆体呈现蓬松、松散状态。这为物料发酵创造了一个有利的好氧状态，非常有利于有机肥的生产发酵。在这样的状态下，翻堆过的堆体24小时内就可以升到高温，让堆体维持高温3天左右，然后再进行翻堆。
经过这样的处理，大约7天后有机肥就已经基本成熟。随着高温、翻堆过程的进行，原料里的水分会逐渐降低。一般的发酵周期是两周左右时间。当发酵完成后，此时水分也降至35%左右就可以收堆了，随后可以继续进行深加工步骤，例如筛分、粉碎、造粒等。只要先期的发酵工作做的好，有机肥的品质才会更优质，后期的深加工环节也会更容易进行，比如造粒方面，不会出现不易成球等问题。
